树海大世界，也可以叫做崩坏大世界。世界总是在诞生，同时也在毁灭。在树与海的碰撞下，世界出现了一道时空裂缝，突然出现的时空乱流将一个灭亡世界的终焉核心给卷走了。
在树与海的眼中，这道时空裂缝并没有什么卵用，它们随手就能修复。那颗时空乱流中的终焉核心在吸收着时空之力，同时也被时空之力消磨，最终它会消失。
然而，万物皆有一线生机，布满裂痕的终焉核心在魔法世界的牵引下逃了出去。一下子进入了魔法少女的世界，世界意识将其净化并封印在了刚刚出生的世界之子身上。
这个世界之子是谁呢？在一所医院中，一个刚刚出生的小婴儿正在被她的母亲抱在怀里。坐在床边的父亲正在给这个女婴起名字，旁边站着的一对兄妹正在看着父母互动。
“叫奈叶怎么样？”母亲温柔的说道。
“奈叶吗？听起来真不错，那就叫她高町奈叶！”父亲一脸高兴的在医院大声说道。
突然出现的声音引的周围的人向他看去，但那些人都知道，他只是太兴奋了。
在所有人都看不到的地方，世界意识突然将手中的核心封印在了这个女婴身上。
或许，世界意识认为终焉核心能够改变世界，为世界添加新的可能性，希望自己的世界能够强大起来。在核心的内部，世界意识留下了一道微弱的意识。
在终焉核心的孕育下，她开始获得了新的可能性。然而，命运无常，在世界意识沉睡过后，终究发生了变化。
刚刚那个大笑的男人名字叫高町士郎，怀抱婴儿的母亲叫高町桃子，旁边站着的兄妹是哥哥高町恭也以及姐姐高町美由希。
此时，一家人聚集在医院里，是因为刚刚出生的奈叶。这个刚刚被母亲桃子起名字的婴儿，正在桃子的怀中沉睡。
在这个不知道拥有魔法的世界里，刚刚出生的名字叫奈叶的婴儿浑身充满了魔力。然而，普通人根本感觉不到那来自世界的喜爱。
就这样，经过一段时间的修养，高町桃子出院了。同时，高町士郎也在努力奋斗，为了这个家庭。
高町家经营着一家咖啡店，名字叫翠屋，位于站前商店街的中央，是以蛋糕和奶油泡芙以及自家制作的咖啡出名的咖啡店，深受放学回家的女学生和附近主妇的欢迎。而父亲高町士郎正是老板，同时也是家里的支柱，母亲高町桃子也在这家店里做点心。
然而，世事难料，在奈叶即将上幼儿园的前一年，父亲高町士郎因事故重伤住院，母亲桃子独自一人撑起了整个家，年幼的哥哥和姐姐帮忙照顾家里和店里。
更为年幼的奈叶，作为高町家的次女，什么都做不到。每当一个人留在家里就会感到很悲伤，身边一个人都没有，是非常寂寞的，甚至认为自己是多余的孩子。
年幼的奈叶总是在想自己的手为什么这么小？无法帮助自己的家人，使得她养成了坚强而又温柔的性格。
随着时间的流逝，家庭开始逐渐好转，父亲高町士郎也康复了。一切仿佛都在向着好的方向发展，然而，命运的选择即将开始。